高雄錫安堂於主後1979年設立，其中經過數次搬遷，也歷經數位負責同工，1985年母會買下安寧街會堂
，1997年我們地方教會購買九如二路366號5樓現址，1998年承蒙母會捐贈安寧街會堂，並於1999年06月30日設立獨立的財團法人。
    錫安堂於1954年在台北溝子口由榮耀秀、林樂道教士創立，以追求主自己的「內在生活」及保持「神的同在」為教會的異象，教導常常學習住在基督裡，並過一個順服、喜樂、讚美、花時間等候親近主的生活，常常提醒要渴慕意識到神的同在，被聖靈充滿，享受並經歷神的醫治及榮耀的大能，遵守主的命令且持守內裡的渴慕，愛祂、謙卑地注視祂，直到模成神兒子的榮形，等候眾子一同顯現，成為羔羊的新婦。
我們的源頭應溯至1901年，陶威博士創立以基督徒聚集為理想的錫安城，後來雖然失敗，但卻在廿世紀初經歷了聖靈的大澆灌，其中許多的人後來分散在各地成為五旬的祝福，其中羅炳森師母於1910年開始錫安城的信心家庭，經常安坐在主腳前等候祂，注視祂的同在，家庭成員均過信心生活且成為各地傳道人從新得力的所在。
    1936年羅炳森師母去世，之後歷經一些波折，信心家庭最後由安德魯弟兄負責另一個世代的服事，其曾有七年在淫亂的犯罪深淵中，卻因在啟示的光中看見「神的憐憫」而再回轉向主，因而興起了「神的憐憫」亮光的職事。因安德魯弟兄曾經犯淫亂的罪，此一職事雖然受到許多的批評，但終究在教會歷史中留給神兒女偉大的產業，顯然地對「神的同在」的職事是一個真理另一端的平衡，因而帶出更多對弟兄姊妹的愛和憐憫。
    錫安城信心家庭羅炳森師母的職事，在其被主接去後，由其所造就的傳道人吳老牧師在紐約布魯克林立巨屋五旬節教會承接，他們有一特別的退休營地Piligrim Camp，且發行「生命之糧」（Bread of Life）月刊，因著吳老牧師的屬靈生命及追求，影響了世界各地的許多人，而榮教士、貝教士就是曾參與其中的追求及服事上的操練而受到影響，也將這榮耀的異象帶到台灣，在其忠心持守呼召下，各地的錫安堂如雨後春筍一一設立，成為各地渴慕主之人的聚集。榮教士於1986年去世，貝教士繼續接任之，1990年錫安堂開始了自己的神學院「撒母耳訓練學校」，由曹力中牧師擔任校長，繼續訓練新的一代成為神國度的精兵。